Please use this identifier to cite or link to this item:
http://studentrepo.iium.edu.my/handle/123456789/10216
Full metadata record
DC Field | Value | Language |
---|---|---|
dc.contributor.advisor | Shafida Abd Hamid, Ph.D | en_US |
dc.contributor.advisor | Noraslinda Muhamad Bunnori, Ph.D | en_US |
dc.contributor.advisor | Khairul Bariyyah Abd Halim, Ph.D | en_US |
dc.contributor.author | Noorakmar Jusoh | en_US |
dc.date.accessioned | 2021-02-04T00:08:42Z | - |
dc.date.available | 2021-02-04T00:08:42Z | - |
dc.date.issued | 2020 | - |
dc.identifier.uri | http://studentrepo.iium.edu.my/handle/123456789/10216 | - |
dc.description.abstract | Current outbreaks of highly pathogenic influenza strains have shown that new anti-influenza drugs need to be developed. To date, four antiviral agents have been approved for the treatment of influenza infection; zanamivir (RelenzaTM), oseltamivir (TamifluTM), peramivir, and most recently, laninamivir. However, increasing reports of these drugs resistance and side effects lead researchers to discover novel inhibitors against influenza. Carvone, which naturally can be found in spearmint essential oil, was studied as antiviral agents for its property. To explore the potential of carvone as neuraminidase (NA) inhibitors, a series of fourteen carvone derivatives compounds have been successfully synthesised using several strategies including epoxidation, epoxide ring opening, aminolysis, reductive amination, and condensation reaction. All the synthesised compounds obtained were elucidated using FT-IR, 1H NMR, 13C NMR, and ESI-MS. Molecular docking was conducted to gain insight into possible binding modes and preferred conformations of complex synthesised compounds in the NA active site. Based on the docking analysis, compound 3e was found to have the lowest energy binding (∆Gbind) value of -8.35 kcal/mol, which is closed to the reference drug oseltamivir (OTV) with ∆Gbind value of -8.58 kcal/mol. Molecular dynamics (MD) simulation was later performed to analyse the flexibility and stability of protein-ligand binding complex with NA protein. Our simulation study showed that the 3e-NA complex is as stable as the OTV-NA complex during the MD simulation of 50 ns. Compounds with good solubility in 2.5% DMSO were further evaluated for neuraminidase inhibition assay. Among ten compounds tested, compound 3e showed the highest inhibition activity of 60.95% inhibition with an IC50 value of 44.13 µM. | en_US |
dc.language.iso | en | en_US |
dc.publisher | Kuantan, Pahang : Kulliyyah of Science, International Islamic University Malaysia, 2020 | en_US |
dc.subject.lcsh | Antiviral agents | en_US |
dc.subject.lcsh | Neuraminidase inhibitors | en_US |
dc.subject.lcsh | Influenza -- Treatment | en_US |
dc.title | Synthesis, in silico studies, and biological evaluation of carvone derivatives as potential neuraminidase inhibitors | en_US |
dc.type | Doctoral Thesis | en_US |
dc.description.identity | t11100424087NoorakmarBintiJusoh | en_US |
dc.description.identifier | Thesis : Synthesis, in silico studies, and biological evaluation of carvone derivatives as potential neuraminidase inhibitors /by Noorakmar binti Jusoh | en_US |
dc.description.kulliyah | Kulliyyah of Science | en_US |
dc.description.programme | Doctor of Philosophy (Biosciences) | en_US |
dc.description.abstractarabic | أظهرت حالات التفشي الحالية لسلالات الإنفلونزا الممرضة بشدة أن العقاقير الجديدة المضادة للأنفلونزا بحاجة إلى تطوير. إلى الآن تمت الموافقة على أربعة عوامل مضادة للفيروسات لعلاج عدوى الأنفلونزا، وهي الزاناميفير(RelenzaTM) ، والأوسيلتاميفير(TamifluTM) ، والبيراميفير، ومؤخرا عقار اللانيناميفير. ومع ذلك فقد دفعت التقارير المتزايدة عن مقاومة الفيروسات لهذه الأدوية وآثارها الجانبية الباحثين إلى اكتشاف مثبطات جديدة ضد الأنفلونزا. تم دراسة مركب الكارفون (carvon) كعامل مضاد للفيروسات نظرا لخواصه، والذي يمكن العثور عليها بشكل طبيعي في زيت النعناع المدبب. لاستكشاف إمكانات الكارفون كمثبط للنيورامينيداز (NA) تم بنجاح استحداث سلسلة من أربعة عشر مركبا مشتقا من الكارفون باستخدام العديد من الاستراتيجيات منها الإبوأكسدة، وفتح حلقة الإيبوكسيد، والتحلل الأميني، إضافة الأمين الاختزالية، تفاعل التكثيف. تم عرض جميع المركبات المستحدثة باستخدام FT-IR، و 1H NMR، و 12C NMR، و ESI-MS. تم إجراء الإرساء الجزيئي لفهم أوضاع الربط الممكنة والتوافقات المفضلة للمركبات المستحدثة في موقع NA النشط. استنادًا إلى تحليل الإرساء فقد وجد أن المركب 3e يحتوي على أقل قيمة للطاقة الرابطة (Gbind∆) بقيمة -8.35 سعرة حرارية/مول، والذي يكون مغلقا لعقار الأوسيلتاميفير المرجعي (OTV) بقيمة Gbind∆ بلغت -8.58 كيلو كالوري/مول. تم إجراء محاكاة الديناميات الجزيئية (MD) في وقت لاحق لتحليل مرونة واستقرار مركب البروتين-الربيطة الرابط مع بروتين الــ NA. أظهرت دراسة المحاكاة أن مركب 3e-NA كان مستقرا مثل مركب OTV-NA خلال محاكاة الــ MD البالغة 50 ns. تم إجراء التقييم الإضافي للمركبات ذات الذوبان الجيد في محلول 2.5٪ DMSO لاختبار تثبيط الــ NA. من بين المركبات العشرة التي تم اختبارها، أظهر المركب 3e أعلى نشاط تثبيطي وذلك بنسبة تثبيط بلغت 60.95٪ وبقيمة IC50 بلغت 44.13 µM. | en_US |
dc.description.nationality | Malaysian | en_US |
dc.description.callnumber | t RM 411 N818S 2020 | en_US |
dc.description.notes | Thesis (Ph.D)--International Islamic University Malaysia, 2020. | en_US |
dc.description.physicaldescription | xvii, 153 leaves : colour illustrations ; 30cm. | en_US |
item.openairetype | Doctoral Thesis | - |
item.grantfulltext | open | - |
item.fulltext | With Fulltext | - |
item.languageiso639-1 | en | - |
item.openairecristype | http://purl.org/coar/resource_type/c_18cf | - |
item.cerifentitytype | Publications | - |
Appears in Collections: | KOS Thesis |
Files in This Item:
File | Description | Size | Format | |
---|---|---|---|---|
t11100424087NoorakmarBintiJusoh_24.pdf | 24 pages file | 768.99 kB | Adobe PDF | View/Open |
t11100424087NoorakmarBintiJusoh_SEC.pdf Restricted Access | Full text secured file | 5.1 MB | Adobe PDF | View/Open Request a copy |
Page view(s)
26
checked on May 17, 2021
Download(s)
4
checked on May 17, 2021
Google ScholarTM
Check
Items in this repository are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated. Please give due acknowledgement and credits to the original authors and IIUM where applicable. No items shall be used for commercialization purposes except with written consent from the author.